Con un total masivo de 68 episodios, la segunda temporada es considerada la más variada y creativa. Los guionistas expanden el universo introduciendo a la nutria Marlene como la voz de la razón y al Agente Secreto Buck Rockgut. El peso de la trama se apoya en los inventos fallidos de Kowalski, que frecuentemente amenazan con destruir la fábrica de la realidad o congelar el tiempo, dando pie a situaciones de pura comedia de enredos. Temporada 3: Misiones Especiales y Evolución
Uno de los aspectos más importantes para la serie fue su reparto. La buena noticia es que Tom McGrath (Skipper), John DiMaggio (Rico) y Andy Richter (Mort) repitieron sus papeles de las películas. Sin embargo, debido a problemas de agenda, otros actores tuvieron que ser reemplazados para la televisión. Chris Miller y Christopher Knights fueron sustituidos por Jeff Glen Bennett (Kowalski) y James Patrick Stuart (Private/Cabo), respectivamente. De igual forma, el icónico papel del Rey Julien, que pertenecía a Sacha Baron Cohen, pasó a ser interpretado por Danny Jacobs, mientras que Kevin Michael Richardson tomó el relevo de Cedric the Entertainer como Maurice.